ยุคของ เซอร์อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน (1986-ปัจจุบัน)

อเล็กซ์ เฟอร์กูสันได้เข้ามาคุมทีมต่อ โดยในฤดูกาลแรกสโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับ 11 แต่ในปีต่อมาก็ได้อันดับสองโดยไบรอัน แมคแคลร์ทำประตูได้ถึง 21 ประตู เป็นคนแรกของทีมหลังจากที่จอร์จ เบสต์เคยทำได้มาก่อนหน้านี้
ในปี 1989 เฟอร์กูสันเกิดความยากลำบากในการคุมทีมขึ้น เนื่องจากตัวผู้เล่นหลายตัวที่เขานำเข้ามาในทีมไม่เป็นที่พอใจของแฟนบอล มีข่าวออกมาว่าสโมสรจะปลดเฟอร์กี้ออกจากการเป็นผู้จัดการทีมในช่วงต้นปี 1990 แต่การชนะนอตติ้งแฮม ฟอเรสต์ในรอบสาม ของเอฟเอ คัพ ก็ทำให้เขาสามารถคุมทีมต่อไปได้ จนคว้าแชมป์เอฟเอ คัพได้ในปีนั้น เป็นแชมป์แรกให้กับเขาในการคุมแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด
ฤดูกาล 1990-91 แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดคว้าแชมป์คัพ วินเนอร์ส คัพ โดยการเอาชนะบาร์เซโลนา จากสเปน ในนัดชิงชนะเลิศ แต่ปีต่อมาทีมทำผลงานไม่ดีนักในพรีเมียร์ลีก
สโมสรแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดได้เข้าสู่ตลาดหลักทรัพย์ในลอนดอนเมื่อปี 1991 ด้วยมูลค่าทรัพย์สิน 18 ล้านปอนด์ จากนั้น สโมสรต้องเปิดเผยข้อมูลการเงินทั้งหมดสู่สาธารณะ
เอริค คันโตนาย้ายจากลีดส์ ยูไนเต็ดมาร่วมทีมเมื่อปี 1992 ส่งผลต่อความสำเร็จของทีมเป็นอย่างมาก ทำให้ทีมได้แชมป์พรีเมียร์ลีกในฤดูกาลนั้นทันที ซึ่งนับเป็นแชมป์ลีกหนแรกในรอบ 26 ปี นับจากที่ได้มาครั้งล่าสุดในปี 1967 ปีต่อมา ทีมได้ดับเบิลแชมป์เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์สโมสร แต่ในปี 1994 นั้นเอง แมตต์ บัสบี้ ตำนานกุนซือของได้เสียชีวิตลงในวันที่ 20 มกราคม